一、rRNA去除的必要性
在RNA測序(RNA-Seq)中,通常需要先去除rRNA。這是因為總RNA中80%以上都是rRNA,而rRNA提供的轉錄本信息非常少,且測序時會產生大量無用的rRNA序列數據,浪費寶貴的測序資源。因此去除rRNA可以提高測序效率和數據質量。
二、rRNA去除探針的原理
1、特異性DNA探針雜交與RNase H消化
- 使用特異性的DNA探針與rRNA雜交,形成DNA-RNA雜交鏈。RNase H能夠特異性地消化DNA-RNA雜交鏈中的RNA單鏈,而未與探針雜交的mRNA、lncRNA等不受影響,從而富集目標RNA。
2、探針雜交捕獲與磁珠吸附
- 通過DNA探針或RNA探針雜交捕獲rRNA,然后利用鏈霉親和素磁珠吸附去除rRNA。這種方法稱為Ribo-Zero-seq。

三、rRNA去除探針的應用
1、物種特異性
- rRNA去除探針需要根據研究物種的rRNA序列設計特異性的雜交探針。
2、不同RNA類型
- 除了去除細胞質中的rRNA,一些試劑盒還可以去除線粒體中的rRNA。
3、樣本類型
- rRNA去除探針適用于多種樣本類型,包括新鮮樣本、降解樣本、FFPE(甲醛固定石蠟包埋)樣本等。
四、rRNA去除探針的優勢
1、高效去除
- rRNA去除探針可以高效去除rRNA,提高目標RNA的富集效率。
2、特異性高
- 探針設計具有高度特異性,能夠準確識別并去除rRNA,而不影響其他目標RNA。
3、適用范圍廣
- 適用于多種物種和樣本類型,能夠滿足不同研究需求。
通過使用rRNA去除探針,可以顯著提高RNA測序的效率和數據質量,為轉錄組研究提供更準確的信息。